›› 2011, Vol. 31 ›› Issue (03): 144-.

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口腔龈上菌斑5种DNA提取方法的比较

刘 莹,吴明桃,陈 慧,庞小燕,赵立平,唐子圣   

  • 收稿日期:2015-09-10 修回日期:2015-09-10 出版日期:2011-03-28 发布日期:2015-09-10

  • Received:2015-09-10 Revised:2015-09-10 Online:2011-03-28 Published:2015-09-10

摘要: [摘要] 目的 寻找方便、快捷、经济、获取细菌信息量最多的细菌基因组DNA抽提方法。方法  采用洗涤+冻融+Bead Beater+酚氯仿抽提法(X法)、试剂盒法(Y法)、洗涤+冻融+试剂盒法(Z法)、直接煮沸法(U法)和加Chelex-100后煮沸法(V法)5种DNA抽提方法,分别提取3例慢性牙周炎患者龈上菌斑DNA,检测DNA片段大小和浓度;同时运用变性梯度凝胶电泳分析样本微生物多样性和相似度,从多个角度对5种DNA提取方法进行评价。结果  X法DNA片段集中于3 000~20 000bp处;Y法和Z法DNA片段均匀分布于500~20 000 bp处;U法无明显DNA片段出现;V法DNA片段主要分布于500~2 000 bp处。Y法、Z法与V法所提DNA浓度较高,X法与U法所提DNA浓度较低。X法、Y法、Z法和V法反应的龈上菌斑微生物多样性无显著差异。X法、Y法和Z法的相似度较高,而V法与X法、Y法、Z法的相似度较低。结论 洗涤+冻融+Bead Beater+酚氯仿抽提法,试剂盒法,洗涤+冻融+试剂盒法,加Chelex-100后煮沸法的DNA提取效果无显著差异;直接煮沸法的DNA提取效果较差。

关键词: DNA提取, 变性剂梯度凝胶电泳, 龈上菌斑